Буровой мастер Шаимской конторы бурения №3 треста «Тюменнефтегазразведка» Урайского управления буровых работ (1964 – 1971), буровой мастер, мастер-наставник Нижневартовского управления буровых работ №2 (1972 – 1996).

Бригада А.Д. Шакшина, разбуривая Шаимскую группу нефтяных месторождений (1964 – 1971), достигла рекордной для того времени (1965 – 1966) скорости проходки скважин. Пробурила первую в области наклонно направленную скважину (1965) - этот метод получил впоследствии широкое распространение. Поставила всесоюзный рекорд (1970), пробурив вертикальную скважину глубиной 1700 метров с коммерческой скоростью 16765 метров на станок в месяц. 

Входит в группу первооткрывателей нефтяных месторождений Нижневартовского района. Его бригада разбуривала Самотлорское месторождение (с 1972), в течение ряда лет носила звание «Лучшая бригада Министерства нефтяной промышленности». На базе бригады Шакшина А.Д.  действовала школа передового опыта (с 1973). 

Именем Анатолия Дмитриевича Шакшина названы ежегодные Всероссийские турниры по вольной борьбе в Нижневартовске (1986). 

Герой Социалистического Труда (1966). Кавалер орденов Ленина (1966), Октябрьской революции (1971), Трудового Красного Знамени (1989), Награждён медалями, в том числе: золотой медалью «Серп и молот» (1966), «ВДНХ СССР». 

Лауреат Государственной премии СССР (1980). 

Почётный нефтяник (1970). Почётный гражданин г. Нижневартовска (1987)